خط داستانی
در سال ۱۹۳۷ و در آستانه جنگ جهانی دوم رخ میدهد، داستان دربارهٔ سازمان رمزآموزی اسرارآمیزی با نام «D Agency» است. این سازمان توسط سرو clarity Lt. Col. Yuuki از ارتش امپراتوری ژاپن بنیانگذاری میشود. باورهای او او را وادار میکند تا افراد فراتر از فارغالتحصیلان آکادمی نظامی و کارکنان جذب کند، در حالی که آنها را برای تبدیل شدن به عاملانی ماهر در هنرهای کنترل و دستکاری آموزش میدهد. این عوامل به تیمی تخصصی تبدیل میشوند تا عملیات انجام دهند. یکی از این عاملان ضدقهرمان به نام ژیرو گامو، مأموریت هولناکی را برای کشف اسناد سری با عنوان «یادداشتهای سیاه» آغاز میکند، در حالی که با نیروهای داخل و خارج از صفوف خود دست و پنجه نرم میکند.